La microfaune, désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à 0,2 mm) présents dans un espace donné. La plus grande partie de la microfaune n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope. En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux. Elle joue ainsi un rôle majeur dans la minéralisation de la matière organique, le cycle du carbone et de nombreux grands cycles biogéochimiques[1].
Des liens complexes d'interdépendance existent entre la microflore[2], la microfonge et la microfaune et les populations microbiennes. Une grande partie de la microfaune joue un rôle important de décomposeur.
La microfaune est notamment vulnérable à la destruction de son milieu (par le labour ou la déforestation[3] par exemple) et à l'exposition à la lumière et aux UV solaires. La granulométrie du substrat et du sédiment influent sur la microfaune et inversement[4].
Pour sa valeur bioindicatrice, elle a été très étudiée, notamment dans les années 1930 à 1960 par milieu, par grande zone tempérée et tropicale[5] ou encore à l'échelle d'un pays[6].
La microfaune tient une place importante dans le réseau trophique ; elle est notamment une importante source de nourriture pour les poissons et les oiseaux[7]