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Thilo Muster (* 1965 à Lörrach) est un organiste d'origine allemande. Il vit et travaille à Bâle en Suisse.
Muster étudie à l'Académie de musique de la ville de Bâle auprès de Peter Efler pour le piano et Guy Bovet pour l'orgue. En 1992, il obtient son diplôme de soliste avec distinction.
Il est lauréat du Concours suisse de l'Orgue en 1992 et du Concours de Genève en 1993.
En 1994, il est nommé organiste titulaire de la Cathédrale Saint-Pierre de Genève, poste qu'il occupe jusqu'en 2005. De 1995 à 2003, il est également directeur artistique des Concerts Spirituels de Genève.