Franciscus Junius (Heidelberch, 1589 – Windsor, 1677) wie in filolooch fan Dútske komôf.
Junius waard grutbrocht yn Leien, dêr wie syn heit heechlearaar Hebriuwsk. Yn 1602 stoaren syn âlden en Junius ferfear nei Doardt om by de humanistysk learde Gerhard Johann Vossius yn te wenjen dy't letter syn sweager wurde soe. Hy studearre teology yn Leien en Middelburch.
Hy is de skriuwer fan it wichtige skildertraktaat De Schilder-konst der Oude begrepen in drie boecken, (Middelburch, 1641), dat ek yn it latyn en ingelsk ferskynd is. As samler fan âlde manuskripten publisearre er as earste in tal wichtige edysjes fan wichtige teksten.
Yn 1665 fersoarge Junius de earste folsleine tekstedysje fan de Gotyske bibel fan Wulfila
Junius wurdt ek ferbûn mei it Junius Manuskript: in unike samling fan Aldingelske gedichten.