O sistema inmunitario adaptativo, tamén chamado sistema inmunitario adquirido ou sistema inmunitario específico, está composto por un conxunto de células e procesos moi especializados, que permiten eliminar ou impedir o crecemento de patóxenos, que se desenvolven ao longo da vida do organismo. Son mecanismos propios deste sistema, por exemplo, a produción de anticorpos, a actividade citotóxica das células T CD8+, ou a inmunización por formación de células de memoria.
Estes mecanismos da inmunidade adaptativa contrapóñense aos da chamada inmunidade innata no sentido de que os receptores específicos para os patóxenos da inmunidade innata están codificados xa na liña xerminal, mentres que os receptores específicos de patóxenos da inmunidade adquirida adquírense por medio dun proceso de expresión somática durante a vida do organismo (por exemplo forma un receptor ou un anticorpo específicos contra un antíxeno co que o corpo tivo contacto). Pode dicirse que ambos os sistemas inmunitarios son "adaptativos" no sentido fisiolóxico e evolutivo, xa que ambos os dous permiten que o organismo se adapte ás condicións externas cambiantes. Ambos os dous poden ser tamén desadaptativos no sentido de que a súa sobreactivación pode dar lugar a unha inflamación patolóxica ou a autoinmunidade. Tanto os receptores de patóxenos dos mecanismos da inmunidade innata coma da adquirida son específicos, pero esta especificidade é distinta, xa que a da innata evolucionou durante millóns de anos para facer fronte ás características moleculares moi conservadas do mundo microbiano, mentres que a especificidade da adaptativa madura en cada organismo. Por esta razón, o termo adquirida prefírese en xeral ao de adaptativa ou específica.
Todos os vertebrados adquiriron na súa evolución sistemas inmunitarios. Os vertebrados ágnatos (sen mandíbula, como as lampreas) xeraron receptores do sistema inmunitario adquirido utilizando segmentos variables baseados en repeticións ricas en leucina que se reordenaron no ADN por medio da actividade dun encima citosina desaminase. Polo contrario, os vertebrados mandibulados (gnatóstomos) xeraron receptores do sistema inmunitario adquirido utilizando segmentos variables relacionados coa familia das inmunoglobulinas reordenados no ADN por unha recombinase RAG. O sistema inmunitario adquirido actívase polo máis vello evolutivamente e “non específico” sistema inmunitario innato (que é o principal sistema de defensa contra os patóxenos de case todos os outros seres vivos non vertebrados). As respostas inmunitarias adquiridas proporcionan ao sistema inmunitario dos vertebrados a capacidade de recoñecer e lembrar patóxenos específicos (para xerar inmunidade), e para organizar un ataque máis potente cada vez que se encontre co mesmo patóxeno. É "adaptativo" no sentido de que prepara o sistema inmunitario do corpo para futuros ataques polo mesmo patóxeno. Pero é "desadaptativo" cando dá lugar a un proceso de autoinmune.
O sistema é moi adaptable debido a que se producen hipermutacións somáticas (un proceso de mutación somática acelerada), e recombinación V(D)J (unha recombinación xenética irreversible de segmentos dos xenes dos receptores de antíxenos). Este mecanismo permite que un pequeno número de xenes orixine un enorme número de receptores de antíxenos diferentes, que despois se expresarán unicamente nun determinado linfocito. Como a reordenación de xenes dá lugar a un cambio irreversible no ADN de cada célula, todas células orixinadas por división da primeira herdarán os xenes que codifican a mesma especificidade de receptor, incluíndo as células B de memoria e as células T de memoria que son a chave para que exista unha inmunidade específica a longo prazo.
A teoría da rede inmune, elaborada principalmente por Niels Kaj Jerne, explica como funciona o sistema inmunitario adquirido, e está baseada nas interaccións entre "idiotipos" (características moleculares únicas dun clonotipo) e "anti-idiotipos" (receptores antixénicos que reaccionan co idiotipo como se este fose un antíxeno estraño).