Elektronska mikroskopija je vrsta mikroskopije koja za stvaranje slike koristi snop elektrona. U transmisijskoj elektronskoj mikroskopiji snop elektrona prolazi kroz uzorak obojen teškim metalima. U pretražnoj (engl. scanning) elektronskoj mikroskopiji analiziraju se elektroni koji se odbijaju od površine i tako se dobiva trodimenzionalna slika.