Agen biologis (bahasa Inggris: biological agent) adalah sekelompok bahan biologis yang biasanya mengacu pada mikroorganisme seperti bakteri, virus, fungi, dan parasit, serta toksin yang mereka hasilkan. Agen-agen biologis ini dapat menimbulkan dampak negatif bagi kesehatan manusia, hewan, tumbuhan, dan lingkungan. Mereka dapat disebarkan dengan sengaja dalam peperangan biologis atau bioterorisme (sehingga disebut juga senjata biologis), dan dapat tersebar secara tidak sengaja, misalnya akibat kecelakaan di laboratorium.
Bahaya yang muncul akibat agen biologis dan bahan-bahan biologis lainnya disebut bahaya hayati.