Anatomi tumbuhan atau fitoanatomi merupakan studi terhadap komponen internal dari tumbuhan; analogi dari anatomi manusia atau hewan. Walaupun secara prinsip kajian yang dilakukan adalah melihat keseluruhan fisik sebagai bagian-bagian yang secara fungsional berbeda, anatomi tumbuhan menggunakan pendekatan metode yang berbeda dari anatomi hewan. Organ tumbuhan terekspos dari luar, sehingga umumnya tidak perlu dilakukan "pembedahan".
Morfologi tumbuhan juga sering kali dikaji bersama-sama dengan anatomi tumbuhan. Anatomi tumbuhan mulai dipisahkan dari morfologi tumbuhan karena morfologi mempelajari bentuk dan struktur eksternal tumbuhan, sedangkan anatomi adalah struktur internalnya.[1][2]