Berikut ini adalah daftar kota di Indonesia. Indonesia terdiri dari 93 kota otonom dan lima kota administrasi per tahun 2024.[1]
"Kota" di sini merupakan daerah tingkat dua dalam sistem pembagian administratif Indonesia yang setara dengan kabupaten dan diperintah oleh wali kota. Istilah kota tersebut belum tentu sama dengan istilah "kota" dalam penggunaan umum.
Kota otonom adalah "kota" menurut sistem administrasi di Indonesia, khususnya dalam artian bahwa kota tersebut memiliki pemerintahan daerah yang mengatur wilayahnya sendiri (otonom). Daftar berikut juga mencakup kota administrasi, yaitu salah satu pembagian tingkat dua khusus di dalam Daerah Khusus Ibukota Jakarta yang memiliki pemerintahan daerah yang tidak otonom.