Kepunahan Holosen (kadang-kadang disebut kepunahan massal keenam atau kepunahan antroposen) adalah istilah yang dipakai untuk merujuk pada peristiwa kepunahan massal yang mulai terjadi pada masa Holosen (sejak tahun 10.000 SM hingga sekarang). Ada banyak spesies flora dan fauna yang punah, dan sebagian besar habitatnya berada di hutan hujan. 875 kepunahan telah tercatat oleh International Union for Conservation of Nature and Natural Resources dari tahun 1500 hingga 2009.[3] Namun, sebagian besar kepunahan tidak tercatat sejarah. Menurut teori spesies-wilayah, tingkat kepunahan saat ini kira-kira sebesar 140.000 spesies per tahun.[4]
Dalam artian luas, istilah kepunahan Holosen juga meliputi punahnya megafauna yang dimulai sekitar 11.500 tahun yang lalu karena perubahan iklim pada akhir zaman es. Kepunahan tersebut juga dikaitkan oleh aktivitas manusia dan kadang-kadang disebut peristiwa kepunahan Kuartener atau kepunahan zaman es. Namun, kepunahan Holosen masih berlanjut hingga abad ke-21.
Ilmuwan masih berdebat perihal definisi, parameter dan hipotesis yang menyangkut kepunahan massal ini.[5] Tidak ada kesepakatan umum mengenai kepunahan Holosen ini, entah apakah itu merupakan peristiwa kepunahan yang berbeda atau merupakan bagian dari peristiwa kepunahan Kuartener atau hanya serangkaian kepunahan alami yang biasa terjadi karena seleksi alam. Bahkan beberapa di antara mereka hanya menyalahkan perubahan iklim sebagai dalang kepunahan. Namun, secara keseluruhan dapat kita tarik garis kesimpulan bahwa kepunahan Holosen ini diakibatkan oleh perubahan iklim dan aktivitas manusia.