Dalam taksonomi tumbuhan, sistem klasifikasi APG II adalah sistem klasifikasi terbaru untuk tumbuhan berbunga yang dirilis oleh Kelompok Filogeni Tumbuhan Berbunga (Angiosperm Phylogeny Group) pada tahun 2003: An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399-436.[1]) Versi ini adalah revisi dari pendahulunya, sistem APG yang dikeluarkan pada tahun 1998.
Sistem ini memperlihatkan konsensus dari sejumlah pakar sistematika tumbuhan yang bekerja di berbagai lembaga di seluruh dunia sehingga banyak diterima dan berpengaruh. Sejumlah pustaka telah menggunakan pula sebagai Referensi, kadang-kadang dengan sedikit modifikasi.
Karena hanya berfokus pada takson bangsa dan suku, sistem ini tidak berpretensi untuk mengubah atau menetapkan takson baru. Alih-alih, mereka menyebut tingkat selain bangsa dan suku sebagai klad. Klad dimaksudkan sebagai kelompok hipotetis dan dapat diubah sewaktu-waktu.
Sistem ini sekarang diadopsi oleh Angiosperm Phylogeny Website dan berbagai modifikasi setelah penerbitan pada tahun 2003 dimasukkan ke dalamnya (lihat Pranala luar). Sebagai pelanjut dari sistem ini, sejak 2009 telah dirilis Sistem Klasifikasi APG III oleh Angiosperm Phylogeny Group untuk menampung berbagai hasil-hasil penelitian terbaru yang dipublikasi setelah dirilisnya sistem APG II.