Teologi Kristen utamanya berkaitan dengan pemikiran mengenai ketuhanan Yesus. Perdebatan mengenai teologi Kristen telah berlangsung sepanjang sejarah kemunculannya. Sejarah pemikirannya tidak bermula dari masa kehidupan Yesus, melainkan pada awal abad ke-4 Masehi. Doktrin terawalnya ditetapkan dalam Konsili Nikea I yang diprakarsai oleh Konstantinus Agung. Pada masa ini, kelompok-kelompok yang tidak mengikuti doktrin resmi dari gereja dianggap sebagai pengikut ajaran sesat. Mereka diburu dan dibasmi oleh gereja. Teologi Kristen sendiri memperoleh pengaruh tradisi paganisme.
Pada abad ke-15 dan ke-16 Masehi, ilmu pengetahuan mulai berkembang pesat dan menimbulkan pertentangan dengan teologi Kristen. Beberapa ilmuwan kemudian menolak ajaran Kristen yang disampaikan oleh gereja, antara lain Nicolaus Copernicus (1473–1543), Galileo Galilei (1546–1642), dan Giordano Bruno (1548–1600).