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L'apparato digerente di ogni essere vivente ha il compito di introdurre, di digerire e assorbire le sostanze nutritive contenute negli alimenti, eliminando i residui non assimilabili dall'organismo, sotto forma di feci.
È detto apparato in quanto è un raggruppamento di organi che collaborano a uno scopo comune, ma diversi sia per funzione che per struttura e origine embriologica. L'espressione si riferisce a organismi pluricellulari, e in quanto in grado di assimilare è riferito a eterotrofi, pur utilizzando il concetto della digestione per organismi autotrofi, come per esempio le piante carnivore, e i loro corrispondenti organi digestivi. In genere è principalmente un organo animale.
I proctodeati sono animali con canale alimentare completo, cioè munito di una bocca per l'introduzione del cibo e di un ano per l'espulsione delle feci, mentre gli organismi aprocti (cnidari, platelminti, gnatostomulidi) mostrano un canale incompleto, con un'unica apertura che funge sia da bocca che da ano.
I metazoi celomati che hanno un apparato digerente differenziato sono classificati come protostomi e deuterostomi, dove l'intestino si è evoluto due volte, per un esempio di evoluzione convergente. Si distinguono in base al loro sviluppo embrionale. I deuterostomi sviluppano l'ano dal blastoporo e la bocca si forma all'estremità opposta, viceversa per i protostomi. I Protostomi sono, come gruppi principali, artropodi, molluschi e anellidi, mentre i deuterostomi comprendono echinodermi e cordati.