Pilger fu un critico della politica estera americana, australiana e britannica, che considerava guidata da un'agenda imperialista e colonialista. Criticò il trattamento riservato dal suo Paese natale agli indigeni australiani e contribuì a rilevare le atrocità compiute in Cambogia dai khmer rossi di Pol Pot[6].
La carriera di Pilger come regista di documentari iniziò con The Quiet Mutiny (1970), realizzato durante uno dei suoi viaggi in Vietnam, e da allora in poi continuò con oltre 50 documentari. Altri lavori in questa forma inclusero Year Zero (1979) sulle conseguenze del regime di Pol Pot in Cambogia, e Death of a Nation: The Timor Conspiracy (1993). I suoi numerosi film documentari sugli indigeni australiani inclusero The Secret Country (1985) e Utopia (2013). Nella carta stampata britannica, Pilger lavorò al Daily Mirror dal 1963 al 1986, e scrisse una rubrica fissa per la rivista New Statesman dal 1991 al 2014.
Il lavoro di Pilger è stato controverso e la veridicità di alcuni dei suoi rapporti messa in dubbio.[7][8] Il verbo "to Pilger" venne coniato da Auberon Waugh in riferimento a John Pilger, con il significato di "presentare informazioni in modo sensazionalistico a sostegno di una particolare conclusione".[9][10][11]