Makoto Kobayashi (小林誠?, Kobayashi Makoto; Nagoya, 7 aprile 1944[1][2]) è un fisico giapponese, molto conosciuto per il suo lavoro sulla violazione CP.
Il suo articolo "CP Violation in the Renormalizable Theory of Weak Interaction" (1973) scritto in collaborazione con Toshihide Maskawa è il terzo articolo più citato nell'ambito della fisica delle alte energie (dati 2006).[3] Insieme a Toshihide Maskawa, ha generalizzato il lavoro di Cabibbo sul mescolamento dei quark e ha costruito la matrice CKM, lavoro per cui insieme al collega vinse il Premio Nobel per la fisica nel 2008.[4]
L'ansatz della matrice CKM postulò l'esistenza di una terza generazione di quark. L'ipotesi fu confermata sperimentalmente quattro anni dopo, con la scoperta del quark bottom.