Manuel Cardoso (Fronteira, dicembre 1566 – Lisbona, 24 novembre 1650) è stato un compositore, organista e religioso portoghese del tardo rinascimento.
Fra Manuel Cardoso è considerato il maggiore polifonista del Rinascimento portoghese, parte di una straordinaria generazione di compositori portoghesi che hanno lasciato il segno nella storia musicale del Portogallo nei secoli XVI e XVII. La cosiddetta generazione dei polifonisti di Évora rappresenta il periodo di massimo splendore della musica sacra in Portogallo.