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La nave ammiraglia o nave di bandiera è l'unità navale sulla quale è imbarcato l'ammiraglio di una flotta o di un reparto navale, indicata dalla presenza della bandiera dell'ammiraglio stesso o l'insegna del comandante del reparto e dalla quale vengono impartiti gli ordini per tutte le unità navali sottoposte al suo comando.
Oltre alla nave Ammiraglia della Flotta, così si hanno navi comando di gruppi navali, di flottiglia o di squadriglia.