L'elaborazione di un'ontologia in fisica (detta talvolta anche "ontologia primitiva") nasce dall'esigenza di postulare quali possano essere gli eventuali fatti ed enti "fondamentali", almeno rispetto ad una determinata teoria fisica che abbia immediati riflessi filosofici, a cui fare riferimento per l'elaborazione di una Weltanschauung. Da un punto di vista più generale e squisitamente filosofico, non solo l'utilità ma la necessità concettuale di elaborare un'ontologia di tipo non metafisico (in particolare di una metafisica della trascendenza) appare ineludibile.
Limitata, in quanto scienza empirica, al mondo dei fenomeni e al suo metodo sperimentale-osservativo e matematico, la fisica in passato ha cercato di astenersi dalle speculazioni di carattere ontologico, pur presupponendole per molti aspetti, e ricorrendovi solo qualora le teorie fisiche lo rendessero strettamente necessario. Oggi l'ontologia fisica si va configurando come una branca della filosofia, che ha accantonato le basi concettuali dell'ontologia metafisica tradizionale, basata su argomentazioni logico-dialettiche discorsive, per fare invece riferimento alle evidenze scientifiche.