La putrefazione è la decomposizione delle proteine in seguito alla morte di un essere vivente, dovuta solitamente all'azione dei microrganismi anaerobici. In particolare essa consta nel processo di fermentazione delle proteine, con cui tali organismi anaerobi ottengono nutrienti ed energia.
Spesso si utilizza il termine putrefazione come sinonimo di decomposizione, sebbene quest'ultima accezione possa indicare un processo di disfacimento molto più generico.