I Mongoli sono stati molto tolleranti per la maggior parte delle religioni. Nel periodo di Gengis Khan ogni religione, dal buddismo al Cristianesimo e fino all'Islam, poteva essere liberamente professata. Per evitare lotte, Gengis Khan istituì un ente che dava garanzia di libertà religiosa, anche se egli stesso è stato uno sciamanista. Sotto la sua amministrazione, tutti i leader religiosi sono stati esenti da imposta e dal servizio pubblico.
Inizialmente ci sono stati pochi luoghi di culto, a causa dello stile di vita dei nomadi. Tuttavia, sotto Ögödei, sono stati intrapresi nella zona di Karakorum diversi progetti di costruzione. Insieme ai palazzi, Ogodei fece costruire case di culto per i buddisti, musulmani, cristiani, taoisti e seguaci. La religione dominante in quel momento è stato lo Sciamanesimo, il Tengrismo e Buddismo, anche se la moglie di Ogodei era cristiana.