Sepanyol Baru bermula dari abad ke-16 hingga ke abad-19, sistem seperti apartheid wujud di Mexico. Koloni kelahiran Sepanyol merupakan kumpulan kecil dari keseluruhan penduduk tetapi dianggap bangsawan di Sepanyol Baru (sebagaimana Mexico dikenali masa itu), walau serendah mana asal mereka di negara asal. Menjelang abad ke-18, masyarakat criollo (keturunan Sepanyol di Sepanyol Baru) telah memiliki kekayaan dalam perlombongan, perdagangan, perladangan dan pertanian, dan mencari kuasa politik bersempadanan dengan kekayaan mereka. Di bawah criollo pula adalah golongan mestizo iaitu kacukan Sepanyol dan rakyat tempatan atau keturunan hamba Afrika, dan ditangga paling bawah adalah baki penduduk asal dan hamba Afrika. Pemangkin pemberontakkan wujud pada 1808 apabila Napoleon Bonaparte menduduki kebanyakan wilayah Sepanyol. Kwalan langsung Sepanyol ke atas Sepanyol Baru terhenti dan persaingan antara koloni kelahiran Sepanyol dan criollo meningkat.
Pada 1521 apabila Empayar Aztec roboh, Hernán Cortés mula memerintah jajahan yang meliputinya sebagai seorang Kapten-Jeneral, dengan hanya Audencia, Church Court, untuk berkongsi kuasa, dia menghadiahkan rakyat Sepanyol yang membantunya menakluk negara itu dengan anugarah tanah yang luas yang dikenali sebagai Ecomiendas. Dia juga turut membenarkan mereka menghambakan kesemua penduduk pribumi Indian yang tinggal di dalam estet mereka. Pada tahun 1493, Paus Alexander VI membenarkan Sepanyol hak bagi menjadikan koloni apa yang kini dikenali sebagai Mexico, keseluruhan Amerika Tengah, dan tanah yang termasuk Texas, New Mexico, Arizona, Colorado dan California. Ketika melakukannya dia mengamanahkan bahawa penduduk tempatan memeluk Katolik dan melarang penghambaan mereka. Bagaimanapun, arahannya mempunyai situasi "catch 22" di mana dia menyatakan bahawa sebarang penduduk tempatan yang menolak Kristian, atau selepas dibaptis, kembali kepada agama asal, patut dihukum dan dijadikan hamba. Walaupun Cortes amat tekun untuk membawa agama Kristian kepada pribumi Indian,semasa Penaklukan, selepas baptism, tiada arahan keagamaan diberukan walaupun kepada yang ditukar agama olehnya.