Een bestandssysteem is een door het besturingssysteem verzorgde, softwarematige indeling van een opslagmedium (zoals een harde schijf). Het besturingssysteem (bijvoorbeeld van de computer of smartphone) gebruikt deze indeling om toegang tot een opslagmedium te verzorgen voor applicaties en voor zijn eigen gebruik, zodat data in de vorm van bestanden op het opslagmedium weggeschreven kan worden en ook weer teruggelezen.
Sommige bestandssystemen kunnen door meerdere besturingssystemen gebruikt worden, terwijl andere alleen in bepaalde (spel)computers gebruikt worden. Er zijn meer dan 100 verschillende bestandssystemen. FAT32, NTFS en ext4 zijn vaak gebruikte bestandssystemen. Mac OS X gebruikt APFS. En Linux gebruikt meestal ext4 of Btrfs