Endemie of endemisme is het verschijnsel dat een soort (of een ander taxon, zoals geslacht of familie) van nature uitsluitend voorkomt in één geografisch afgegrensd gebied, zoals eilanden in de oceaan, geïsoleerde gebergten, meren of riviersystemen. Indien een soort enkel daar voorkomt, spreekt men van een endeem of van endemische soort. Endemisme is een biogeografisch begrip: het gaat om de geografische verspreidingsgebieden (areaal) van taxa.
Kosmopolieten zijn daarentegen soorten die verspreid zijn over een groot deel van de wereld; ze hebben een kosmopolitische verspreiding. De term endemisch moet niet verward worden met de term "inheems". Inheems in een bepaald gebied houdt slechts in dat de soort van nature – dat wil zeggen spontaan en zonder menselijke invloed – voorkomt.
Endemie is een belangrijk verschijnsel in de biogeografie, omdat het endemisch zijn van een organisme impliceert dat dat organisme