Een flottielje is een formatie van kleine oorlogsschepen die onderdeel kan vormen van een grotere vloot.
Een flottielje bestaat meestal uit een homogene groep van oorlogsschepen van dezelfde klasse, zoals torpedobootjagers, fregatten, torpedoboten, onderzeeboten, kanonneerboten of mijnenvegers. Grotere oorlogsschepen worden gegroepeerd in eskaders.
Een flottielje wordt over het algemeen geleid door een achter-admiraal (in Nederland een schout-bij-nacht), een commandeur of een kapitein-ter-zee, afhankelijk van het belang van het bevel. Een flottielje wordt vaak onderverdeeld in twee of meer divisies, die elk kunnen worden geleid door de hoogste bevelhebber in rang. Een flottielje is vaak een permanente formatie, maar niet altijd.
In moderne marines lijken flottieljes steeds vaker te verworden tot bestuurlijke eenheden. Doordat oorlogsschepen steeds groter zijn geworden, is binnen veel marines het begrip flottielje voor formaties van torpedobootjagers, fregatten en onderzeeërs vaak al vervangen door het begrip eskader.
Een flottielje heeft geen land-equivalent, maar kan misschien grofweg in waarde gelijkgesteld worden aan een brigade of regiment.
Vandaag de dag wordt de naam flottielje gebruikt bij georganiseerde zeilvakanties, duidend op een groep zeiljachten die een bepaalde route in een week afleggen onder begeleiding van een moederschip.