Immunofenotypering (Engels: immunophenotyping) is de analyse van bloedcellen op basis van flowcytometrie. Bij immunofenotypering worden celmembraanstructuren (membraan-gebonden eiwitten) van bloedcellen in kaart gebracht. Flowcytometrie kent vele toepassingen waaronder het opsporen van kankercellen in bloed bij de diagnostiek van leukemie. Het is een veelgebruikte techniek in immunologisch onderzoek.