Een prokaryoot organisme is een eencellig organisme zonder de compartimentering van de cel, zoals deze voorkomt bij eukaryoten - de celkern en andere organellen ontbreken. De groep der prokaryoten omvat twee taxonomische domeinen: de bacteriën en de Archaea. Alle eencelligen die wel een celkern bevatten vormen samen de soortenrijke groep der protisten. De protisten behoren, samen met alle soorten meercellige organismen, tot het derde taxonomische hoofddomein, dat van de eukaryoten [1]
De term 'prokaryoot' is een porte-manteauwoord, dat is gevormd uit Oudgrieks pro: 'voor(afgaand aan)' - namelijk in de evolutie, en eu-karyoot: '(cel) met celkern'.
Tegenwoordig wordt er geen domein met de naam Prokaryota meer erkend. De eencellige soorten organismen zonder celkern vormen een parafyletische groep: de Archaea zijn evolutionair meer verwant met de Eukaryota dan met de Bacteria: Archaea en Eukaryota hebben een eencellige voorouder gemeen waar de Bacteria niet van afstammen.