De vlag van Bodegraven is op 9 september 1952 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Bodegraven. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Twee banen van gelijke hoogte in geel en blauw.
De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen. De gemeente verklaarde dat het geel de kleur van zuivel is en het blauw de kleur van de Rijn en het polderwater. Deze factoren hebben de ontwikkeling van de gemeente bepaald. De vlag was een belangrijk onderdeel van een feest, waarbij de gemeenteraad speciaal bijeen kwam om de vlag vast te stellen, om hem vervolgens meteen in gebruik te nemen. Het Leidsch Dagblad van september 1952 heeft hiervan een uitgebreid verslag opgenomen.
Op 1 januari 2011 is Bodegraven samengevoegd met Reeuwijk tot de gemeente Bodegraven-Reeuwijk. De vlag is daardoor als gemeentevlag komen te vervallen.