Ei naturleg hamn er eit uttrykk ein nyttar for å skildre hamner som først og fremst har vorte til fordi landskapet har vore forma slik at ein har kunna laga trygge hamner med minimalt med arbeid.
Naturlege hamner har vore senter for busetjing, fiske og handel, og har òg vore strategisk viktige. Mange store byar har vakse opp rundt dei, og den naturlege hamna i Sydney er verdas største.
I Noreg er det vanleg at vikar har fungert som naturlege hamner, og då særskilt dersom holmar og skjer har fungert som ekstra vern mot naturkreftene. Hamna i Fosnavåg på Sunnmøre vert sett på som den største naturlege hamna i Noreg.
I tempererte soner med korallvekst, til dømes i Stillehavet og rundt Australia, har det oppstått naturlege hamner av korallrev. Lagunar er ei form for naturleg hamn skapt hovudsakleg av korallrev.