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Endogamia ou consanguinidade é o método de acasalamento que consiste na união entre indivíduos aparentados,[1][2] geneticamente semelhantes. A consanguinidade ocorre naturalmente de forma a garantir a propagação da espécie. Quando ocorre naturalmente por espécies hermafroditas, a autógamia e quando ocorre em especies dióicas, a partenogênese (agamia). Quando os progenitores de um ser vivo que se reproduz sexuadamente possuem um ou mais ancestrais comuns, isto é, são parentes, diz-se que eles são consanguíneos ou endogâmicos. O resultado desse acasalamento é o aumento da homozigose, o que acaba resultando em perda de vigor, assim como na perda da variância, à medida que aumenta o parentesco. Em contrapartida, pode ser usada para melhoramento genético, visando a selecionar determinado caractere desejável, quando em sua máxima expressão (F=1).
A endogamia pode ocorrer de forma natural (em plantas autógamas, por exemplo), não intencional (como no caso de populações pequenas, nas quais o acasalamento entre indivíduos aparentados é o único viável), ou pode ser induzida intencionalmente (como na formação de raças de animais ou de linhagens endogâmicas de plantas). Uma das suas causas é a fragmentação de habitat, que leva ao isolamento de populações e consequente redução do número de indivíduos. Isso aumenta a probabilidade de cruzamento entre indivíduos com alto grau de parentesco.