Flotilha normalmente designa uma divisão de embarcações de uma frota.
Flotilha (do diminutivo de "flota" em espanhol, através do francês antigo "flote", pelo nórdico antigo "floti", de raízes indo-europeias)[1] pode ser usado para designar uma frota pequena de navios (mercantes ou militares), geralmente entre 2 a 10 navios, ou um agrupamento de aeronaves. O termo "frotilha" (diminutivo de "frota") é equivalente a "flotilha" mas caiu em desuso.
Uma flotilha, da marinha de guerra, é uma parte menor da totalidade das embarcações de uma esquadra ou frota. Tradicionalmente, organizavam-se em flotilhas por região de atuação, como a flotilha de Azov da antiga União Soviética, por classe, como contratorpedeiros, pelo tamanho, pela missão, como a "flotilha Para o socorro da vítimas do terremoto do Haiti", ou pela função, como os navios de apoio (navio hospital, navio oficina e navios de suprimentos). Quando organizado pelo tamanho, os maiores e mais potentes eram conhecidos por "navios de esquadra" ou "navios de frota", enquanto os menores e de menor "poder de fogo" eram conhecidos por "navios de flotilha".
Algumas marinhas, as flotilhas de certos tipos de navios são chamadas "esquadrilhas".