Prefekt (latinski: praefectus) je naziv za magistrata, odnosno javnog funkcionara koji u raznim zemljama ima različite dužnosti i ovlasti. Teritorija ili institucija nad kojom prefekt ima nadležnost se ponekad naziva prefektura.
Riječ potječe od latinskog izraza praeficere, a što znači "stati ispred". Prvi put se pojavio u antičkom Rimu gdje je označavao niz različitih javnih službenika. Od pada Rimskog Carstva se počeo koristiti i u nizu zemalja, pogotovo onima gdje se kao službeni jezik koristi neki od romanskih jezika.