Jmol

Jmol

Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura.
Programer(i)	Jmol razvojni tim
Pisano u	Java
OS	Višeplatformski
Tip	Molekulsko modelovanje
Licenca	LGPL
Veb-sajt	www.jmol.org i wiki.jmol.org

Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,^[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.^[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi^[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Windows-u, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.

Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc.^[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).^[5]

Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,^[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Microsoft Windowsu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.

1. ^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ур., Guide to Graphics Software Tools, стр. 471, ISBN 978-1-84800-900-4 
2. ^ Willighagen, E.; Howard, M. (2007), „Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”, Nature Preceedings, doi:10.1038/npre.2007.50.1 
3. ^ ^{а б} Herráez, A (2006), „Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644 
4. ^ Herráez, A (2007), Lulu, ур., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, стр. 21, ISBN 978-1-84799-259-8 
5. ^ Willighagen, E (2001), „Processing CML conventions in Java” (PDF), Internet Journal of Chemistry, 4 (4): 1—9 ^{[мртва веза]}