ENCODE (the ENCyclopedia Of DNA Elements) är ett forskningsprojekt som startades av US National Human Genome Research Institute (NHGRI) i september år 2003. Målet är att hitta alla funktionella element i människans genom, inklusive gener såväl som icke-kodande DNA. ENCODE är ett av de mest avgörande projekt som startats av NHGRI efter det framgångsrika HUGO-projektet, då människans DNA kartlades.
ENCODE-projektet publicerade resultat i september 2012 där man konstaterar att omkring 80 % av icke-kodande DNA är biologiskt aktivt, och inte bör beskrivas som skräp-DNA som man tidigare trott. En betydande del (cirka 10 %) av detta aktiva icke-kodande dna är inblandad i genreglering och genuttryck.[1][2] Genuttrycket för varje gen styrs av multipla reglerande baspar belägna både nära och avlägset från genen. Dessa resultat visar att genregleringen är långt mer komplex än man tidigare trott.[3]
Tidigare resultat från ENCODE-projektet visar att omkring 93 % av människans genom transkriberas, något som man inte väntat sig.[4]