Endokrina systemet är ett organsystem som fungerar som ett kontrollsystem som insöndrar kemiska signaler, vilka kallas hormoner. Hormonerna sprids i det kardiovaskulära systemet och påverkar avlägsna celler i specifika målorgan, där de styr en rad olika funktioner. Exokrina körtlar, som svettkörtlar och spottkörtlar, utsöndrar istället kemiskt material ut ur kroppen.
Inom medicin är det specialområdet endokrinologi som har hand om störningar på det endokrina systemet. Endokrinologi är en gren av internmedicin.
Det endokrina systemet regleras genom negativ återkoppling. Ökad hormonaktivitet minskar produktionen av det hormonet.