APG II sistemi, uzun adıyla "bitkilerde (Evrimsel Kapalı Tohumlu Gelişimi Topluluğu II sistemi)" bu topluluğun APG Sistemi sonrası bulunan yenilikler neticesi 2003'te ortaya çıkardığı bu sistemin modifiye edilmiş ikinci bir versiyonudur. Bu sistem bu sefer modern teknik ve çoğunlukla moleküler filogenetik moleküler biyoloji den yararlanılarak ortaya çıkarılmış bir sınıflandırmadır. Nisan 2003'te toplulukça yayınlanmış ve APG Sistemi'nin yerini almıştır. Ancak revizyonlar bununla da bitmemiştir. Topluluk bunun ardından 2009 yılında bu taksonomisinin de yerini alacak APG III sistemi'ni çıkaracaktır.
APG II sisteminin yayınlandığı yayının adı:
Her bir APG sistemi dünya çapında çeşitli kurumlarda çalışan sayılı sınıflandırma yapan botanikçilerin belli bir ortak görüş birliği ile hazırlanmıştır.
APG II sistemi bu sefer 45 Takımı tanıyarak sınıflandırma yapmıştır, bu önceki APG sisteminden 5 fazladır. Yeni takımlar Austrobaileyales, Canellales, Gunnerales, Celastrales ve Crossosomatales dir. Bunların hepsi familya iken ve biyolojide takım üst bir sırayı ifade ederken, takım gibi yerleşim dışı tutulmuştır. APG II 457 familya olarak gruplandırma yapmış olup, bu APG Sisteminden 5 familya eksiktir. APG II Sınıflandırmasında 39 familya hiçbir takımda yer almamıştır, fakat bu 39 familyadan 36'sı üst bir sınıf gibi "Kapalı tohumlular"ın "(Angiosperms)" içine üst sırada yerleştirilmiştir. 55 familya ise "parantez içine alınmış familya" diye bilinir. Bunlar opsiyonel olarak çeşitli botanikçiler familya (alt familya) olarak değerlendirilebilecek ayrık sınıflandırmalardır.
APG II sistemi epey yankı uyandırmıştır ve pek çok sayılı kaynakta bir veya birkaç ufak modifikasyon ile kullanılmıştır. Ekim 2009 'da APG III sistemi bu sistemin yerini almıştır.