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La morfogenesi (greco morphé=forma; -genesi) è il processo che porta allo sviluppo di una determinata forma o struttura.
In biologia la morfogenesi è lo sviluppo della forma e della struttura di un organismo, sia da un punto di vista evolutivo, sia dal punto di vista dello sviluppo ontogenetico del singolo organismo a partire dalla cellula fecondata (sviluppo embrionale); in quest'ultimo caso, il processo è favorito dall'azione dei morfogeni.
In geologia la morfogenesi è la formazione delle strutture e dei rilievi della crosta terrestre, dovuti a cause diverse.
Nel caso delle coltura in vitro di cellule vegetali la morfogenesi è un processo di differenziazione di strutture organizzate a partire da un espianto (cellule, tessuto o organo) o da callo.